Ya en 1963 fue nombrado Obispo Monseñor Federico Kaiser MSC, quien hasta este momento había sido Prelado Nullius de la Prelatura. El 7 de diciembre de 1963 fue ordenado Obispo en su tierra natal. A pesar de que la salud no parecía favorecerle mucho, era algo sorprendente que aguantó tantos viajes por los difíciles caminos de la sierra sin mayores problemas. Sin embargo, a fines de 1966 regresó de una gira pastoral muy delicado. Logró superarse hasta cierto punto, pero a lo largo era demasiado pesado ver por ambas cosas, por un lado el gobierno de la Prelatura y por otro lado la preocupación por las Religiosas que había fundado y que formaba personalmente. Así en mayo de 1971 el Santo Padre aceptó su renuncia a la Prelatura, pudiéndose dedicar desde entonces enteramente al trabajo en el Cenáculo de Caravelí, lo que es la casa de formación de la nueva Congregación.
Al quedarse Caravelí con sede vacante, los Consultores de la Prelatura eligieron al P. Ludgero Steens MSC como Vicario Capitular. A cabo de seis semanas Mons. Steens murió inesperadamente a causa de un ataque cardíaco. El nuevo Vicario Capitular fue P. Bernardo Kúhnel MSC, desde 1966 Párroco de la ciudad de Caravelí.
En julio de 1972 el Santo Padre nombró al Vicario Capitular de Caravelí Administrador Apostólico "ad nutum Sanctae Sedis", para dejar abierto el camino al nombramiento de un Prelado autóctono. La toma de posesión se realizó el 21 de Setiembre con la presencia de Excmo. Señor Arzobispo de Ayacucho Monseñor Otoniel Alcedo Culquicondor SDB, siendo Caravelí el sufragáneo de esa Arquidiócesis. El nuevo Arzobispo de Ayacucho, Monseñor Federico Richter Prada OFM, preside la solemne Concelebración eucarística cuando el 27 de abril de 1983 Monseñor Bernardo Kühnel Langer MSC es ordenado Obispo en Caravelí.
El tercer obispo fue Mons. Juan Carlos Vera Plasencia MSC, natural de Trujillo (Perú). Fue ordenado obispo el 28 de agosto del 20005 en la Iglesia Catedral de Trujillo y tomó posesión de la Prelatura el 03 de setiembre del mismo año, dicho cargo, como obispo Prelado lo realizó hasta el año 2014, en donde el Santo Padre, lo nombra obispo Castrense del Perú, y Administrador Apostólico de esta Jurisdicción Eclesiástica, cargo que ocupó hasta agosto del 2017.
El actual Obispo Prelado es Mons. Reinaldo Nann, natural de Friburgo (Alemania), perteneciente al Instituto Secular: “Sacerdotes Diocesanos de Schoenstatt”
El tercer obispo fue Mons. Juan Carlos Vera Plasencia MSC, natural de Trujillo (Perú). Fue ordenado obispo el 28 de agosto del 20005 en la Iglesia Catedral de Trujillo y tomó posesión de la Prelatura el 03 de setiembre del mismo año, dicho cargo, como obispo Prelado lo realizó hasta el año 2014, en donde el Santo Padre, lo nombra obispo Castrense del Perú, y Administrador Apostólico de esta Jurisdicción Eclesiástica, cargo que ocupó hasta agosto del 2017.
El actual Obispo Prelado es Mons. Reinaldo Nann, natural de Friburgo (Alemania), perteneciente al Instituto Secular: “Sacerdotes Diocesanos de Schoenstatt”