La Prelatura ha tenido tres obispos anteriores:
El primer obispo-prelado, Monseñor Federico Kaiser Depel MSC (1957 - 1971), quien construyó en Caravelí al segundo año de su gobierno una casa de formación para futuros sacerdotes, que hasta hoy funciona y se llama Seminario Menor San Pío X. Después fundo lo que hoy es la congregación de Religiosas Madres Misioneras de Jesús Verbo y Víctima.
El segundo obispo-prelado fue Monseñor Bernardo Kühnel Langer MSC Vicario-apostólico (1972 - 1983) y Obispo-prelado (1983 - 2005), ahora obispo-prelado emérito que sigue prestando sus servicios a la prelatura.
El tercer obispo-prelado fue Monseñor Juan Carlos Vera Plasencia MSC, Administrador Apostólico (2014 - 2017) y Obispo-prelado (2005 - 2014). Desde 2014 fue ordenado Obispo Castrense del Perú.
